Los Siona se establecieron originalmente en las orillas del río Aguarico y en la cuenca del Cuyabeno, pero debido a la presión del proceso de colonización y la explotación de recursos naturales, como el caucho y el petróleo, muchos se desplazaron a otras áreas. Según relatos de la comunidad, hace alrededor de cuatro años se trasladaron a las orillas del río Eno, y posteriormente a la bocana del río Shushufindi, donde algunas familias comenzaron a asentarse. En este proceso, el territorio tradicional se fue fragmentando y perdiendo, lo que también implicó una disminución en la fauna de la región, que anteriormente era abundante, con monos, dantas, loros, venados y otros animales. En tiempos antiguos, el uso de la ayahuasca o “ayaguasca” era una práctica común para la localización de animales y para entrar en contacto con los espíritus, a través de transformaciones míticas en tigres y boas.

La llegada de las misiones religiosas y la consiguiente evangelización también transformó la estructura social de los Siona, favoreciendo la nucleación de sus comunidades en aldeas más organizadas en lugar del patrón disperso tradicional.